相比于传统的表面分析技术，扫描探针显微镜有很多优势，不仅能够得到高分辨率的表面成像，还能对材料的各种不同性质进行研究，与此同时，他还在向着更高的目标发展，换言之，SPM已经不仅仅作为一种测量分析工具，它更是一种加工工具，也将使人们有能力在非常小的尺度上对物质进行改性、重组以及再造。它的发明，对于人们认识世界还有改造世界的能力将起着非常大的促进作用，但受制其定量化分析的不足，所以SPM的计量化也是人们正在致力于研究的另一重要方向，这对于半导体工业还有超精密加工技术来说意义重大。
　　然而，扫描探针显微镜也并非十全十美，它也有很多缺憾，因为其原理是控制具有一定质量的探针进行扫描成像，所以扫描速度受到限制，测试效率比较其他显微技术低；因为压电效应在保障定位精度前提下运动范围很小（很难突破100μm量级），但是机械调节精度又没有办法与之衔接，因此不可以做到像电子显微镜的大范围连续变焦，定位与寻找特征结构比较困难；扫描探针显微镜中广泛使用管状压电扫描器的垂直方向伸缩范围比平面扫描范围通常要小一个数量级，扫描的时候扫描器随样品表面起伏而伸缩，假如被测样品表面的起伏超出了扫描器的伸缩范围，那么就会导致系统无法正常甚至损坏探针。所以，扫描探针显微镜对样品表面的粗糙度有较高的要求。
　　因为系统是通过检测探针对样品进行扫描的时候运动轨迹来推知其表面形貌。所以，探针的几何宽度、曲率半径还有各向异性都会引起成像的失真（采用探针重建可以部分克服)。